Beşinci turu geçen 16 takımın katıldığı ve çift maç eleme usulüne göre oynanacak son 16 turunda ilk müsabakalar 15, 16 ve 17 Ocak 2019'da yapılacak. Rövanş karşılaşmaları ise 22, 23 ve 24 Ocak'ta oynanacak.
Galatasaray, Fenerbahçe, Trabzonspor, Evkur Yeni Malatyaspor, Göztepe, Kasımpaşa, Kayserispor ve Medipol Başakşehir'in seri başı olarak katıldığı kura çekiminde eşleşmeler şu şekilde oluştu:
Evkur Yeni Malatyaspor-Bodrum Belediyesi Bodrumspor
Ümraniyespor-Fenerbahçe
Kayserispor-Akhisarspor
Boluspor-Galatasaray
Medipol Başakşehir-Hatayspor
Aytemiz Alanyaspor-Kasımpaşa
Trabzonspor-Balıkesirspor Baltok
Antalyaspor-Göztepe
